Un auto-entrepreneur en arrêt maladie peut percevoir une indemnité journalière (IJ) plafonnée à 65,84 €/jour en 2026, calculée sur 1/730ᵉ de son revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années. Conditions cumulatives : affiliation depuis 12 mois, cotisations à jour, RAAM ≥ 4 582,03 € (10 % de la moyenne des PASS 2023-2024-2025). Délai de carence de 3 jours, IJ versées à partir du 4ᵉ jour. Arrêt à transmettre à la CPAM sous 48 heures.
Si les salariés ont la garantie de percevoir des indemnités journalières en cas de maladie ou d’accident, ce n’est pas toujours le cas des indépendants. Selon son statut, le fait de bien calculer son chiffre d’affaires en auto-entrepreneur et son affiliation à la caisse d’Assurance Maladie, les conditions d’indemnisation varient fortement.
Focus sur les montants exacts prévus pour 2026, le fonctionnement des indemnités journalières et les démarches pour déclarer votre arrêt maladie autoentrepreneur sans erreur.
Combien touche-t-on en arrêt maladie en auto-entrepreneur ?
Le montant de votre indemnité journalière (IJ) est égal à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM) sur les 3 dernières années civiles. En 2026, ce montant est plafonné à 65,84 € bruts par jour.
Comment calculer son RAAM ?
Le RAAM n’est pas votre chiffre d’affaires. Il s’agit de votre CA après l’application de l’abattement forfaitaire de votre secteur :
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Activités de vente de marchandises (BIC) : CA - 71 %
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Prestations de services commerciales ou artisanales (BIC) : CA - 50 %
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Activités libérales (BNC) : CA - 34 %
Exemple concret de calcul
Prenons un auto-entrepreneur en prestation de services avec un chiffre d’affaires moyen de 30 000 € par an sur les 3 dernières années :
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Son RAAM est de : 30 000 € - 50 % = 15 000 €.
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Son indemnité journalière sera de : 15 000 € / 730 = 20,55 € par jour.
Attention : si votre RAAM est inférieur à 4 582,03 € par an, vos indemnités journalières seront nulles, sauf si vous avez opté pour le paiement d’une cotisation minimale. Ce seuil correspond à 10 % de la moyenne des PASS des 3 années de référence (PASS 2023 : 43 992 €, PASS 2024 : 46 368 €, PASS 2025 : 47 100 €), et non au PASS de l’année en cours, c’est une subtilité que beaucoup de sources confondent.
Où envoyer son arrêt de travail quand on est auto-entrepreneur ?
Vous disposez de 48 heures pour transmettre votre arrêt de travail à l’Assurance Maladie à partir de la date de prescription de votre médecin.
Deux situations sont possibles :
1. Votre médecin télétransmet l’arrêt : il envoie directement les informations à la CPAM de manière électronique. Vous n’avez aucune démarche papier à effectuer.
2. Vous avez un arrêt de travail au format papier : vous devez impérativement envoyer les volets 1 et 2 par courrier au service médical de votre CPAM.
Si vous êtes demandeur d’emploi et percevez une allocation, vous devez envoyer le volet 3 à France Travail.
Comment bénéficier des indemnités journalières auto-entrepreneur ?
Les conditions d’éligibilité générales
Pour bénéficier d’une indemnisation en cas de maladie, plusieurs conditions doivent être remplies. Premièrement, il est impératif de justifier d’une affiliation continue d’au moins 12 mois à une activité professionnelle. Ensuite, l’arrêt maladie doit être prescrit par un médecin et vous devez cesser impérativement toute activité professionnelle pendant cette période.
L’arrêt maladie pour un autoentrepreneur en activité libérale
Si vous avez créé votre autoentreprise et commencé votre activité libérale (non réglementée) après le 1er janvier 2018, vos droits en cas d’arrêt maladie sont les mêmes que pour un autoentrepreneur artisan ou commerçant. Vous êtes affilié à la CPAM et vous bénéficiez des règles générales de protection sociale des indépendants.
Pour les activités créées avant 2018, il est souvent indispensable de souscrire à un contrat de prévoyance santé pour auto-entrepreneur afin d’être correctement couvert.
Salarié et auto-entrepreneur : quelles indemnités en cas d’arrêt ?
Si vous cumulez une activité salariée et une auto-entreprise, les règles sont spécifiques. Vos indemnités journalières sont calculées et versées par la CPAM uniquement sur la base de vos revenus salariés. Le chiffre d’affaires de votre auto-entreprise n’est pas pris en compte dans ce calcul.
Les conditions d’ouverture des droits dépendent de la durée de votre arrêt :
* Pour un arrêt inférieur à 6 mois : vous devez avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire équivalent à au moins 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois.
* Pour un arrêt supérieur à 6 mois : il faut justifier d’au moins 600 heures de travail sur les 12 derniers mois, ou avoir cotisé sur la base de 2 030 fois le SMIC horaire.
Le délai de carence et le versement des indemnités
Les indemnités journalières d’un auto-entrepreneur sont versées à partir du 4ème jour d’arrêt de travail.
Le délai de carence est donc de 3 jours incompressibles. Ce délai ne s’applique pas dans certains cas très spécifiques comme une hospitalisation immédiate, un accident du travail reconnu ou une affectation de longue durée (ALD).
Une fois le délai de carence passé, le versement de vos indemnités est effectué tous les 14 jours en moyenne directement sur votre compte bancaire par votre caisse d’assurance maladie. Pendant toute la durée de votre indemnisation, vous avez l’obligation de respecter les heures de sortie autorisées par votre médecin et de stopper toute facturation ou prestation de service.
Sources officielles :
